An der Professur für Systembiologie mit dem Schwerpunkt Genomik, Proteomik und Transkriptomik, Fachbereich Biologie und Chemie, ist im Rahmen des vom Land Hessen geförderten LOEWE-Schwerpunktes „Diffusible Signals – Impact on diffusible signals at human cell-microbe interfaces“ ab dem nächstmöglichen Zeitpunkt befristet bis zum 31.12.2024 eine Vollzeitstelle mit einer/einem
Wissenschaftlichen Mitarbeiter/in
zu besetzen. Bei Vorliegen der tariflichen Voraussetzungen erfolgt die Vergütung nach Entgeltgruppe 13 Tarifvertrag Hessen (TV-H).
Aufgaben: Im Rahmen des Teil-Projekts „Integrierte Modellierung der Mikroben-Wirts-Interaktion durch skalierbare bioinformatische Analyse-Workflows“ sind Sie verantwortlich für die
- Software-Entwicklung zur Prozessierung und Visualisierung von umfangreichen Sequenz-Daten aus Genom und Transkriptom-Sequenzierungen inklusive der zugehörigen Metadaten
- Entwicklung von sowohl verbesserten Auswertungsmethoden als auch adäquaten Datenstrukturen zur Speicherung und Integration der Analyseergebnisse und Metadaten um unterschiedlichste Datensätze untereinander vergleichen und kombiniert auswerten zu können
- Entwicklung von benutzerfreundliche Visualisierungsverfahren, die eine interaktive und intuitive Exploration der Daten bis hin zur Darstellung von regulatorischen Netzwerken erlauben
-Bearbeitung von aktuellen Fragen in Bezug auf die Bereitstellung einer flexiblen Software-Plattform zur systematischen und automatisierten Analyse von Hochdurchsatzdaten in Cloud-Computing-Umgebungen
- bioinformatische Analyse von Hochdurchsatzdaten (Next-Generation-Sequencing, insbesondere RNA-Seq und Derivate) und deren systembiologische Interpretation und Visualisierung
- Mit- und Weiterentwicklung der softwaretechnischen Infrastruktur zum Datenmanagement
- Teilprojekt-spezifische Unterstützung bei der Datenanalyse als auch die Entwicklung neuer Softwaretools und einer web-basierten Plattform für die interaktive Visualisierung und Interpretation von Hochdurchsatzdaten
Anforderungsprofil:
- Abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium im Fach Bioinformatik oder Informatik oder einem verwandten Fachgebiet mit dokumentierten Erfahrungen in bioinformatischer Grundlagenforschung und Software-Programmierung in diesem Bereich
- Ausgewiesene Kenntnisse in Fragestellungen der modernen Hochdurchsatz-Sequenzierungstechnologien (Next-Generation Sequencing)
- Kenntnisse im Umgang mit relationalen Datenbanken und der Implementierung von web-basierten Schnittstellen für Benutzer
- Fähigkeiten in der Datenanalyse mit Hilfe von Workflow-Systemen (z.B. CWL, Nextflow) Erfahrung im Umgang mit Unix/Linux-Betriebssystemen
- Sicherer Umgang mit Java und einer der folgenden Skriptsprachen: Perl, Python, Groovy
- Praktische Erfahrungen im High-Performance-Computing und Cloud-Computing sind von Vorteil
Die Justus-Liebig-Universität Gießen (JLU) strebt einen höheren Anteil von Frauen im Wissenschaftsbereich an; deshalb bitten wir qualifizierte Wissenschaftlerinnen nachdrücklich, sich zu bewerben. Die JLU versteht sich als eine familiengerechte Hochschule. Bewerberinnen und Bewerber mit Kindern sind willkommen.
Für Fragen steht Ihnen Herr Prof. Dr. Goesmann gerne zur Verfügung (Tel. 0641/99-35801 oder per Mail
Ihre Bewerbung (keine E-Mail) richten Sie bitte unter Angabe der Referenznummer 148/08 mit den üblichen Unterlagen bis zum 23.02.2021 an Herrn Prof. Dr. Alexander Goesmann, Professur für Systembiologie, Heinrich-Buff-Ring 58, 35392 Gießen. Bewerbungen Schwerbehinderter werden - bei gleicher Eignung - bevorzugt. Wir bitten, Bewerbungen nur in Kopie und ohne Hefter/Hüllen vorzulegen, da diese nach Abschluss des Verfahrens nicht zurückgesandt werden.